1. Wnioskodawca jest obowiązany do uiszczenia opłaty z tytułu przeprowadzonych badań lub analiz, w przypadku gdy rozpatrzenie wniosku o wydanie WIS wymaga przeprowadzenia badania lub analizy.
2. Badania lub analizy mogą być wykonywane przez laboratoria jednostek organizacyjnych Krajowej Administracji Skarbowej lub inne akredytowane laboratoria, Bibliotekę Narodową, Centrum Łukasiewicz i instytuty działające w ramach Sieci Badawczej Łukasiewicz, a także instytuty naukowe Polskiej Akademii Nauk, instytuty badawcze lub międzynarodowe instytuty naukowe utworzone na podstawie odrębnych przepisów, działające na terytorium kraju, dysponujące wyposażeniem niezbędnym dla danego rodzaju badań lub analiz.
3. Opłata, o której mowa w ust. 1, pobierana za badania lub analizy wykonywane przez laboratoria jednostek organizacyjnych Krajowej Administracji Skarbowej stanowi dochód budżetu państwa i jest uiszczana na rachunek bankowy Krajowej Informacji Skarbowej.
4. Na wezwanie organu wydającego WIS wnioskodawca jest obowiązany, w terminie określonym w wezwaniu, nie krótszym niż 7 dni, do uiszczenia zaliczki na pokrycie opłaty, o której mowa w ust. 1. W przypadku nieuiszczenia zaliczki w terminie określonym w wezwaniu organ wydający WIS wydaje postanowienie o pozostawieniu wniosku o wydanie WIS bez rozpatrzenia, na które służy zażalenie.
5. Wysokość opłaty, o której mowa w ust. 1, i termin jej uiszczenia są określane przez organ wydający WIS w drodze postanowienia, na które przysługuje zażalenie.
6. Wysokość opłaty, o której mowa w ust. 1, powinna odpowiadać rzeczywistym wydatkom poniesionym z tytułu przeprowadzonych badań lub analiz. W przypadku gdy badania lub analizy są przeprowadzane przez laboratoria jednostek organizacyjnych Krajowej Administracji Skarbowej, wysokość opłaty, o której mowa w ust. 1, powinna odpowiadać ryczałtowym stawkom opłat określonym w przepisach wydanych na podstawie art. 92 ust. 4 ustawy z dnia 19 marca 2004 r. – Prawo celne, jeżeli stawki te zostały określone w tych przepisach.
7. W przypadku gdy zaliczka uiszczona na pokrycie opłaty, o której mowa w ust. 1, jest wyższa niż opłata określona w postanowieniu wydanym na podstawie ust. 5, a także w przypadku gdy opłata jest nienależna, zwrot kwoty nienależnej następuje w terminie 30 dni od dnia zakończenia postępowania w sprawie WIS.