1. Pierwsze posiedzenie Komisji odbywa się w terminie 14 dni od dnia jej powołania.
2. Pierwsze posiedzenie Komisji zwołuje i prowadzi minister. Na posiedzeniu tym arbitrzy dokonują wyboru przewodniczącego Komisji ze swojego grona.
3. Wybór przewodniczącego Komisji jest dokonywany większością 3/4 głosów w obecności co najmniej 16 arbitrów.
4. W przypadku niedokonania wyboru przewodniczącego Komisji na pierwszym posiedzeniu Komisji, przewodniczącego Komisji powołuje minister, w terminie 14 dni od dnia zakończenia posiedzenia Komisji.
5. Wniosek o odwołanie arbitra z funkcji przewodniczącego Komisji, ze wskazaniem kandydata na to stanowisko, może złożyć co najmniej siedmiu arbitrów lub minister.
6. Przewodniczący Komisji, w terminie 14 dni od dnia złożenia wniosku, o którym mowa w ust. 5, zwołuje posiedzenie Komisji, na którym wniosek poddaje się pod głosowanie na zasadach określonych w ust. 3.
7. Minister odwołuje przewodniczącego Komisji w przypadku uchylania się od pełnienia tej funkcji lub niezdolności uniemożliwiającej jej pełnienie trwającej dłużej niż 2 miesiące lub zrzeczenia się pełnienia funkcji przewodniczącego Komisji. Do wyboru nowego przewodniczącego Komisji stosuje się przepisy ust. 2–4.
8. Do zadań przewodniczącego Komisji należy reprezentowanie Komisji i organizacja jej pracy, w tym:
1) zwoływanie posiedzeń Komisji;
2) wyznaczanie lub odwoływanie członków zespołów orzekających na zasadach określonych w art. 75 ust. 2, 4 i 5 oraz art. 79;
3) wyznaczanie mediatorów na zasadach określonych w art. 85 ust. 3;
4) zwoływanie pierwszego posiedzenia zespołu orzekającego;
5) wykonywanie czynności, o których mowa w art. 64–66 i art. 261 ustawy z dnia 14 czerwca 1960 r. – Kodeks postępowania administracyjnego, oraz przekazywanie sprawy do rozpoznania przez właściwy zespół orzekający;
6) przekazywanie ministrowi orzeczeń kończących postępowanie do ogłoszenia w Biuletynie Informacji Publicznej na stronie podmiotowej urzędu go obsługującego.
9. Obsługę techniczno-organizacyjną Komisji zapewnia urząd obsługujący ministra.
10. Przewodniczący Komisji nie może być członkiem zespołu orzekającego.
11. Przewodniczącemu Komisji przysługuje wynagrodzenie miesięczne w wysokości dwukrotności przeciętnego miesięcznego wynagrodzenia w sektorze przedsiębiorstw, włącznie z wypłatami z zysku, za poprzedni kwartał, ogłaszanego przez Prezesa Głównego Urzędu Statystycznego w Dzienniku Urzędowym Rzeczypospolitej Polskiej „Monitor Polski”, wypłacane z budżetu państwa, z części będącej w dyspozycji ministra.