1. Jeżeli nieruchomość oddana w trwały zarząd jest wykorzystywana na więcej niż jeden cel, stawkę procentową opłaty rocznej przyjmuje się dla tego celu, który w decyzji o oddaniu w trwały zarząd został określony jako podstawowy.
2. Jeżeli po oddaniu nieruchomości w trwały zarząd nastąpi trwała zmiana sposobu korzystania z nieruchomości, stawkę procentową opłaty rocznej zmienia się stosownie do zmienionego sposobu korzystania. Zmiany stawki procentowej opłaty rocznej dokonuje się w drodze decyzji właściwego organu.
3. Właściwy organ może udzielić, za zgodą odpowiednio wojewody albo rady lub sejmiku, bonifikaty od opłat rocznych ustalonych zgodnie z przepisem art. 83 ust. 2, jeżeli nieruchomość jest oddana:
1) na cele mieszkaniowe, na realizację urządzeń infrastruktury technicznej oraz innych celów publicznych;
2) jednostkom organizacyjnym, które prowadzą działalność charytatywną, opiekuńczą, kulturalną, leczniczą, oświatową, naukową, badawczo-rozwojową, wychowawczą, sportową lub turystyczną, na cele niezwiązane z działalnością zarobkową;
3) na siedziby organów administracji publicznej i sądów niewymienionych w art. 60 ust. 1 oraz prokuratur;
4) na siedziby aresztów śledczych, zakładów karnych i zakładów dla nieletnich.
4. Ustalone, zgodnie z art. 83 ust. 2 pkt 3, opłaty z tytułu trwałego zarządu obniża się o 50 %, jeżeli nieruchomość lub jej część składowa zostały wpisane do rejestru zabytków. Właściwy organ może, za zgodą odpowiednio wojewody albo rady lub sejmiku, podwyższyć lub obniżyć tę bonifikatę.
4a. W razie zbiegu praw do bonifikat z tytułów, o których mowa w ust. 3 i ust. 4, stosuje się jedną bonifikatę korzystniejszą dla jednostki organizacyjnej.
5. Wysokość opłat rocznych oraz udzielonych bonifikat i sposób zapłaty tych opłat ustala się w decyzji właściwego organu.