1. Wypełnianie obowiązków określonych w art. 49aaa ust. 2–5 podlega kontroli Szefa Krajowej Administracji Skarbowej.
2. Kontrolę, o której mowa w ust. 1, przeprowadzają upoważnieni przez Szefa Krajowej Administracji Skarbowej funkcjonariusze lub osoby zatrudnione w jednostkach organizacyjnych KAS posiadający poświadczenie bezpieczeństwa upoważniające do dostępu do informacji niejawnych oznaczonych klauzulą „poufne”.
3. Do kontroli, o której mowa w ust. 1, stosuje się odpowiednio przepisy art. 62 ust. 1–3, 8 i 10, art. 64 ust. 1 pkt 1, 2, 5, 7, 8, 10, 11 i 17, ust. 3 i 4, art. 72 ust. 1 pkt 1–3 i 8–11 oraz ust. 3, art. 84 ust. 1, 2 i 4, art. 93 oraz art. 97a ust. 6.