1. Kierownikowi kontrolowanej jednostki organizacyjnej przed podpisaniem protokołu kontroli przysługuje prawo zgłoszenia umotywowanych zastrzeżeń co do ustaleń zawartych w protokole kontroli w terminie 14 dni od dnia jego otrzymania.
2. Zastrzeżenia zgłasza się kontrolującemu na piśmie utrwalonym w postaci papierowej lub w postaci elektronicznej. Zastrzeżenia zgłoszone w postaci elektronicznej opatruje się kwalifikowanym podpisem elektronicznym lub podpisem zaufanym.
3. Kontrolujący rozpatruje zastrzeżenia w terminie 14 dni od dnia ich zgłoszenia.
4. W przypadku stwierdzenia zasadności zastrzeżeń i ich uwzględnienia kontrolujący zmienia lub uzupełnia treść protokołu kontroli.
5. W przypadku nieuwzględnienia zastrzeżeń w całości albo w części kierownikowi kontrolowanej jednostki organizacyjnej, który zgłosił zastrzeżenia, przekazuje się stanowisko kontrolującego w tej sprawie. W takim przypadku kierownik kontrolowanej jednostki organizacyjnej może odmówić podpisania protokołu kontroli, uzasadniając odmowę jego podpisania.
6. Odmowa podpisania protokołu kontroli przez kierownika kontrolowanej jednostki organizacyjnej nie stanowi przeszkody do podpisania protokołu kontroli przez kontrolującego i sporządzenia informacji o wynikach kontroli.